非居住者の不動産売却は源泉徴収と確定申告が必要になる｜差し引き後に損しない精算手順はこれ！

海外在住のまま日本の不動産を売ると、売却代金から税金が差し引かれて入金されることがあります。

この差し引きは「源泉徴収」で、買主側に義務があるため、売主が気づかないまま手取りが減るケースもあります。

ただし源泉徴収で完結するわけではなく、最終的な税額は譲渡所得を計算して確定申告で精算するのが原則です。

源泉徴収で引かれ過ぎた場合は還付になり、逆に不足なら追加で納付になるので、手順を先に固めておくと安心です。

非居住者の不動産売却は源泉徴収と確定申告が必要になる

非居住者が日本国内の不動産を売却すると、国内源泉所得として日本の所得税の対象になり、原則として確定申告で税額を確定させます。

同時に、売買代金の支払時点で、買主が10.21%を源泉徴収する仕組みが原則として働きます。

例外や還付の余地もあるため、最初に「源泉徴収の有無」と「申告での精算」をセットで理解するのが近道です。

まず押さえる結論は2つだけ

結論は、売却代金の支払時に源泉徴収が入りやすく、売却後は確定申告で最終税額を決めるという2段構えです。

源泉徴収は譲渡所得ではなく譲渡対価（売買代金等）を基準に計算されるため、利益が小さくても差し引き額が大きく見えます。

確定申告では取得費や譲渡費用、特例の適用可否を反映して税額を計算し、源泉徴収済み税額と精算します。

この全体像は国税庁の案内でも整理されているので、まずは骨格を確認すると迷いが減ります。

根拠は国税庁No.1932と国税庁No.2879です。

源泉徴収10.21%がかかる条件

日本国内にある土地や建物などを非居住者等から購入し、その譲渡対価を支払う者は、支払時に10.21%で計算した税額を源泉徴収するのが原則です。

源泉徴収義務者は法人だけでなく個人も含まれ、事業者かどうかも問われません。

対象となる「土地等」の範囲や義務者の考え方は、国税庁が明示しています。

迷ったら「買主が日本で売買代金を支払うか」と「売主が非居住者か」を最初に確認します。

• 税率は10.21%（所得税10%＋復興特別所得税0.21%）
• 対象は土地、土地の上に存する権利、建物、付属設備、構築物
• 支払者は法人だけでなく個人も含まれる

根拠は国税庁No.2879です。

1億円以下でも源泉徴収されない例外

例外として、個人が自己または親族の居住用に購入し、譲渡対価が1億円以下である場合は、その個人は源泉徴収不要とされています。

この例外は「買主が個人で、居住用目的で、金額要件も満たす」という3点セットで判断します。

居住用目的かどうかは形式ではなく実態が重要なので、契約書や資金使途の説明も含めて確認しておくと安全です。

例外に該当すると売却代金の入金が大きく変わるため、売買の早い段階で買主側に共有しておくとトラブルを減らせます。

• 買主が個人である
• 自己または親族の居住の用に供するための購入である
• 譲渡対価が1億円以下である

根拠は国税庁No.2879と国税庁No.1932です。

確定申告は還付のためにも重要

源泉徴収はあくまで仮の前払いで、最終的な税額は譲渡所得の計算で決まります。

取得費が大きい、譲渡費用が多い、3,000万円特別控除などの特例が使える場合、源泉徴収額のほうが過大になりやすいです。

そのため確定申告をすると、源泉徴収で引かれた税額が還付になることがあります。

逆に譲渡益が大きい場合は、源泉徴収だけでは足りず追加納付になることもあります。

還付を受けるための申告に触れているのは国税庁No.1932です。

譲渡所得の計算は居住者と同じ

非居住者であっても、譲渡所得の金額の計算方法自体は居住者の場合と同様です。

基本は「譲渡価額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額」で、ここから課税譲渡所得を求めます。

建物は減価償却費相当額を差し引く点や、取得費が不明な場合の概算取得費など、実務上の落とし穴も共通です。

計算の枠組みは国税庁タックスアンサーで体系的に説明されています。

根拠は国税庁No.1932と国税庁No.3202です。

税率と住民税の扱いは分けて考える

譲渡した年の1月1日時点で所有期間が5年超なら長期、5年以下なら短期として区分され、所得税の計算ルールが異なります。

国税庁の説明では長期は所得税15%（復興特別所得税は基準所得税額の2.1%）が基本で、短期は所得税30%（同様に復興特別所得税が加算）です。

一方で住民税は原則として1月1日時点で自治体に住所がある人が課税対象という仕組みなので、海外居住の状況によって扱いが変わります。

住民税の課税関係は自治体情報で確認し、所得税の計算は国税庁の枠組みで整理すると混乱しにくいです。

• 長期・短期の区分は「譲渡した年の1月1日」で判定する
• 所得税の基本計算は長期が15%、短期が30%（復興特別所得税は別計算）
• 住民税は「1月1日に住所があるか」が重要な分岐になりやすい

根拠は国税庁No.3208と国税庁No.3211と東京都主税局（個人住民税）です。

源泉徴収10.21%で差し引かれる金額を先に試算する

源泉徴収は売却益ではなく売却代金を基準に差し引かれるため、実感として大きく見えやすいです。

入金額を読み違えると、海外送金や残債清算の段取りが崩れるので、契約前に概算でも数字を置くと安全です。

差し引き額は「売却代金×10.21%」が出発点

源泉徴収税額は、原則として譲渡対価を基準に10.21%で計算します。

分割払いでも、支払の都度に源泉徴収される前提で組み立てると資金繰りのズレが減ります。

実際の課税所得とは別物なので、ここではあくまで「入金見込み」を作る目的で使います。

根拠は国税庁No.2879です。

例外に該当するかは買主の事情で決まる

源泉徴収の例外は「売主が非居住者か」よりも「買主が誰で、何の目的で買うか」に強く依存します。

買主が個人でも投資用や賃貸用なら例外にならず、原則どおり源泉徴収が必要になります。

売主側で例外を決め打ちすると危険なので、買主に要件を確認し、契約書や説明書面で整合させます。

• 個人買主でも、居住用でなければ原則どおり源泉徴収
• 居住用でも、譲渡対価が1億円を超えると原則どおり源泉徴収
• 判断に迷う場合は買主が税務署や税理士に確認する

根拠は国税庁No.2879です。

源泉徴収されない場合でも申告が不要とは限らない

源泉徴収が例外で不要になっても、譲渡所得が生じる限り、原則として確定申告が必要です。

源泉徴収は「前払いの仕組み」であって、課税の有無や特例適用の判定を代替するものではありません。

特例を使う場合も申告が入口になることが多いので、申告要否は源泉徴収の有無と切り離して判断します。

根拠は国税庁No.1932です。

源泉徴収税の納付期限を知っておくと交渉材料になる

源泉徴収は買主側が行う手続きですが、納付期限があるため買主の実務負担も発生します。

海外送金や決済日程の設計によって、買主の納付事務の難度が変わることがあります。

決済前に「源泉徴収の要否」と「必要なら納付の段取り」を共有しておくと、決済遅延のリスクが下がります。

• 源泉徴収は支払時点で行う
• 納付期限は源泉所得税の一般ルールに従って管理される
• 実務は買主の金融機関・税理士の運用にも左右される

根拠は国税庁No.2879です。

確定申告で「還付か追徴か」を決めるまでの流れ

非居住者の不動産売却は、源泉徴収で終わらせず、申告で正確に精算するのが基本です。

申告の主目的は「譲渡所得を正しく計算し、過不足を精算すること」と「特例を適用すること」です。

申告が必要になりやすい代表パターン

不動産を売却したときの所得は譲渡所得となり、原則として確定申告が必要とされています。

源泉徴収がされた場合でも、還付を受けるための申告が想定されています。

逆に損失が出た場合でも、特例や損益通算の可否など論点が残るため、申告判断は慎重に行います。

• 譲渡益が出たため税額を確定させる必要がある
• 源泉徴収された税額の還付を受けたい
• 3,000万円特別控除や軽減税率など特例を使いたい

根拠は国税庁No.1932です。

申告期限は翌年2月16日から3月15日が原則

申告期限は、原則として譲渡した年の翌年2月16日から3月15日までです。

期限を過ぎると還付が遅れたり、加算税等のリスクが生じたりするため、売却が決まった段階で逆算します。

海外在住で郵送や代理人対応になるほど、書類準備に時間がかかるので早めの着手が実務的です。

根拠は国税庁No.1932です。

還付を受けるために必要な情報を揃える

還付のためには、売買契約の内容、入金額、源泉徴収税額、取得費と譲渡費用、特例要件の裏付けが必要です。

源泉徴収税額は買主側の控除と納付を前提に整理されるため、決済時に明細を受け取れるようにしておくと確実です。

書類の不足は還付遅延に直結しやすいので、決済日までに「何を受領するか」をチェックリスト化します。

• 売買契約書の写し
• 仲介手数料・測量費・印紙代などの領収書
• 取得費を示す売買契約書や請求書類
• 源泉徴収が分かる明細（決済書類等）

申告の前提は国税庁No.1932です。

納税管理人を立てると手続きが回る

非居住者は、申告書提出や税務署からの書類受領、納付・還付の受け取り等のために納税管理人を定める必要があるとされています。

納税管理人がいれば、国内住所がなくても税務手続きの窓口を国内に置けるため、郵送遅延や連絡不通のリスクが減ります。

誰を納税管理人にするかで運用が変わるので、家族に依頼するか税理士に依頼するかを早めに決めます。

根拠は国税庁No.1923です。

譲渡所得の計算で差がつく取得費と譲渡費用

確定申告の税額は、譲渡所得の計算精度で大きく変わります。

特に取得費と譲渡費用は資料の揃い方で差が出やすく、海外在住だと回収漏れが起きやすい項目です。

取得費は「購入＋改良＋手数料」が基本

取得費は、購入代金や購入手数料などの取得に要した金額に、改良費や設備費などを加えた合計額です。

建物の取得費は所有期間中の減価償却費相当額を差し引いて計算する点が重要です。

取得費が膨らむほど課税譲渡所得は小さくなりやすいので、領収書や契約書の所在を丁寧に追います。

• 購入代金
• 購入時の仲介手数料
• 改良費・設備費
• 建物は減価償却相当額を控除して調整

根拠は国税庁No.3208と国税庁No.3202です。

取得費が不明なら概算5%という選択肢がある

取得費が分からない、または実額が譲渡価額の5%より少ないときは、譲渡価額の5%を概算取得費とすることができます。

概算は簡便ですが、実額が分かるなら通常は実額のほうが有利になりやすいので、資料探索と比較の順で判断します。

海外転居で書類が散逸している場合は、金融機関・仲介会社・登記関係の控えなど、復元ルートを先に洗い出します。

根拠は国税庁No.3208と国税庁No.3202です。

譲渡費用は「売るために直接かかった費用」

譲渡費用は、土地や建物を売るために直接かかった費用で、仲介手数料、測量費、印紙代、立退料、取壊し費用などが例示されています。

「売却後のリフォーム」など直接性が弱い支出は外れやすいので、費目の性質を短くメモして整理します。

譲渡費用も資料の有無で差がつくため、決済前に仲介会社から明細をまとめて受領しておくと確実です。

• 仲介手数料
• 測量費
• 売買契約書の印紙代
• 立退料
• 取壊し費用（更地にして売る場合）

根拠は国税庁No.3202と国税庁No.3208です。

資料回収は「誰が持っているか」で当たりを付ける

海外在住で手元資料が少ない場合、取得費と譲渡費用は「保管主体」から逆算すると回収が進みます。

購入時の仲介会社、金融機関、登記申請を依頼した司法書士、管理会社などに当たりを付けます。

税務署への説明は「根拠資料があるか」が軸になるため、回収できない部分は概算を含めて方針を早めに決めます。

計算枠組みの根拠は国税庁No.3202です。

使える特例と租税条約の注意点

税額を大きく左右するのは、取得費・譲渡費用に加えて特例の適用可否です。

また不動産の譲渡は租税条約でも所在地国課税が認められることが多く、日本側での課税を前提に組み立てる必要があります。

3,000万円特別控除は「マイホーム売却」の中心特例

マイホーム（居住用財産）を売ったときは、所有期間の長短に関係なく譲渡所得から最高3,000万円まで控除できる特例があります。

控除が大きいため、源泉徴収で引かれていても、申告で課税所得がゼロ近くになり還付が生じるケースがあります。

ただし適用要件や添付書類があるため、居住実態や売却相手との関係などの条件確認を先に行います。

根拠は国税庁No.3302です。

10年超所有の軽減税率は追加の節税余地になる

一定の要件に当てはまる場合、長期譲渡所得の税額を通常より低い税率で計算できる軽減税率の特例があります。

3,000万円特別控除で課税譲渡所得を圧縮したうえで、残る部分に軽減税率が効く構造になることがあります。

適用の可否は所有期間の判定や居住要件などに左右されるため、売却時点の事実関係を整理してから判断します。

• 軽減税率は「要件に当てはまるとき」に適用できる
• 所有期間や居住要件などの確認が必要になる
• 申告での適用が基本になる

根拠は国税庁No.3305です。

租税条約があっても日本の課税が消えるとは限らない

多くの租税条約では、不動産の譲渡対価について不動産の所在する国においても課税できるという規定が置かれています。

つまり租税条約があるから日本で課税されない、と単純には言えない設計です。

二重課税の調整は相手国側の税額控除などと絡むため、相手国の申告も含めて全体最適で検討します。

根拠は国税庁No.2879です。

住民税の課税関係は「1月1日の住所」を必ず確認する

住民税は自治体税で、原則として1月1日現在に当該自治体に住所がある人が課税対象とされます。

海外転出のタイミングによっては、売却した年とは別に住民税の納付が残ることもあるため、所得税の話と切り分けて確認します。

売却前に住民票の扱いが未整理だと、税負担の見積りがぶれるので、出国日と住所実態を含めて整理します。

• 住民税の課税対象は原則として1月1日時点の住所
• 出国時期によって納付方法や手続きが変わることがある
• 自治体の案内で扱いを確認しておく

根拠は東京都主税局（個人住民税）です。

不動産売却をスムーズに終えるための実務チェック

税金の計算ルールを理解しても、実務では「誰が何をいつまでにやるか」で詰まることがあります。

最後に、決済から申告までを滞らせないための要点を短く整理します。

決済前に買主と共有すべき事項を固定する

非居住者売却では、買主側に源泉徴収の義務があるため、買主が理解していないと決済日直前で混乱が起きます。

源泉徴収の要否、例外該当の有無、差し引き後の送金額、明細の受領方法を先に決めます。

特に例外の判断は買主の事情に依存するため、売主側の想定と買主側の理解を一致させるのが重要です。

根拠は国税庁No.2879です。

納税管理人を立てるなら「売却が決まった時点」が安全

納税管理人は申告提出や書類受領、納付・還付の受け取り等のために必要になることがあります。

売却後にバタつくより、売却が決まった時点で納税管理人の選任を進めるほうが期限管理が簡単です。

税理士に依頼する場合でも、必要資料の整理と役割分担を先に決めれば、海外在住でも運用しやすくなります。

• 納税管理人は国内での手続き窓口になる
• 申告期限から逆算して早めに選任する
• 委任範囲と連絡手段を明確にする

根拠は国税庁No.1923です。

申告の失敗は「取得費不足」と「特例漏れ」で起きやすい

申告で差が出るのは、取得費・譲渡費用の計上漏れと、特例の適用漏れです。

取得費が不明で概算5%を使う場合でも、実額が見つかると結果が大きく変わることがあるため、探索期間を確保します。

マイホーム売却の特例は控除額が大きいので、要件確認と添付書類の準備を最優先で進めます。

根拠は国税庁No.3208と国税庁No.3302です。

源泉徴収の差し引きを恐れず申告で精算すれば手取りは最適化できる

非居住者の不動産売却では、まず源泉徴収10.21%の有無と例外を確認し、入金見込みを現実的に置くことが第一歩です。

次に取得費と譲渡費用、マイホーム特例の適用可否を整理し、確定申告で還付または納付を確定させます。

海外在住で手続きが不安なら、納税管理人を早めに立て、決済書類と領収書を決済時に確実に回収する運用が効果的です。

源泉徴収はあくまで前払いなので、申告で精算する前提で動けば、手取りの最適化と期限リスクの回避を両立できます。

制度の骨格は国税庁No.1932と国税庁No.2879と国税庁No.1923で確認できます。