法人が不動産売却で節税するコツ｜税務否認を避けて手取りを最大化する！

法人の不動産売却は「いくらで売るか」だけでなく「どう課税されるか」で手取りが大きく変わります。

節税の本質は、無理な利益圧縮ではなく、売却損益の計算精度と意思決定の順番を整えることです。

土地と建物で税目が変わり、消費税や印紙税などの周辺コストも合計すると無視できません。

結論として、繰越欠損金や特例の有無を先に確認し、売却前から逆算して準備するのが最短です。

法人が不動産売却で節税するコツ

法人の節税は「課税の土台になる売却損益」と「適用できる制度」を先に固めるほど成功率が上がります。

節税は「税金を減らす」より「課税のズレをなくす」から始める

不動産売却は金額が大きい分、計算ミスや処理の違いがそのまま税額差になります。

まずは土地と建物を分け、帳簿価額と譲渡費用を根拠資料つきで固めます。

• 土地と建物の価格配分を契約書等で整理する
• 建物の帳簿価額と償却状況を確定する
• 譲渡費用の領収書と契約書を集める
• 消費税の課税・非課税区分を確認する

この整理ができてから「節税策として何が打てるか」を検討すると無駄が減ります。

法人の売却損益は「法人全体の所得」に合算される

法人の場合、固定資産の譲渡による収益や費用は、原則としてその事業年度の所得計算に反映されます。

譲渡収益の考え方は法人税基本通達の整理に沿って処理するのが安全です。

実務の判断に迷うときは国税庁の通達解説を参照すると論点の位置づけが掴めます。

参考：国税庁「固定資産の譲渡等に係る収益」

売却損が出る場合は「損金化の根拠」を強くする

売却損は法人の損金となり得ますが、前提として帳簿価額と譲渡対価の根拠が揃っている必要があります。

とくに建物は減価償却累計額の計算がズレやすいので、期中売却なら月割などのルールを明確にします。

処理の流れは会計面でも税務面でも整合が取れるようにし、決算書の勘定科目内訳も合わせます。

繰越欠損金がある会社は「売却する年度」が最大の分岐点になる

欠損金の繰越控除を使える会社は、売却益が出る年度に繰越欠損金を当てられるかで税負担が大きく変わります。

繰越控除には青色申告の提出や継続提出など要件があるため、売却前に適用可否を確認します。

参考：国税庁「欠損金の繰越控除」

消費税は「土地は非課税・建物は課税」が基本になる

課税事業者が事業用資産を譲渡する場合、建物などは消費税の課税対象となる整理が基本です。

一方で土地や借地権の譲渡は消費税が非課税とされるため、区分経理の設計が重要です。

参考：国税庁「消費税等と譲渡所得」

土地の特例は「適用対象の取得時期」によって結果が変わる

法人にも土地の譲渡益に関して特例が用意されているケースがあります。

代表例として、一定の要件を満たす長期所有土地等の譲渡益について損金算入（特別控除）できる制度があります。

対象は取得時期などが限定されるため、該当しそうなら早めに一次情報で確認します。

参考：国税庁「長期所有土地等の1,000万円特別控除」

最終的な節税は「否認されない設計」に落とし込む

節税は、税務上の根拠が薄いと否認リスクが高まり、結果的に手取りが減ることがあります。

金額配分や費用計上の根拠を資料で固め、やるべきことを先にやるほど安全に最適化できます。

不安がある論点は、契約前に税理士へ論点整理を依頼するのが最も安い保険です。

法人の不動産売却でかかる税金を整理する

節税を考える前に、どの税金がどのタイミングで出るかを整理すると、不要な支出を減らせます。

売却益に連動するのは「法人税等」である

法人の不動産売却は、原則として売却益（損）を含めた所得に対して法人税等が課税されます。

税率は法人区分や所得金額で変動するため、事業年度の見込み所得とセットで確認します。

参考：国税庁「法人税の税率」

消費税は「課税・非課税」を先に分ける

不動産売却の消費税は、同じ売買でも対象資産により扱いが分かれます。

• 土地・借地権の譲渡は消費税が非課税
• 建物の譲渡は消費税の課税対象になり得る
• 課税事業者か免税事業者かで納税義務が変わる

参考：国税庁「消費税等と譲渡所得」

印紙税と登録免許税は「契約書」と「登記」で発生する

売却時は税金が利益連動だけではなく、契約や手続に応じて発生します。

印紙税は契約書の記載金額に応じて税額が定まるため、契約書の形態にも注意します。

参考：国税庁「印紙税額の一覧表」

参考：国税庁「登録免許税の税額表」

税率は「会社規模」と「年度の所得」で変わる

法人税の税率は、所得金額や法人区分により一律ではありません。

• 所得が大きい年度は実効税率の影響が増える
• 売却益が出る年度は中間納付の資金繰りも確認する
• 決算期変更や売却時期の調整は実務コストも考慮する

参考：国税庁「法人税の税率」

節税の基本は帳簿価額と譲渡費用の精度を上げる

法人の節税は制度のテクニックより、売却損益の算定が正確であることが土台になります。

帳簿価額を正しく出せば「過大な利益計上」を防げる

建物は減価償却により帳簿価額が減るため、売却時点の残高を正しく把握する必要があります。

とくに期中売却では償却の月割計算などが絡み、処理の一貫性が問われます。

参考：国税庁「固定資産の譲渡等に係る収益」

譲渡費用・付随費用を漏らさない

売却に直接要した費用は、損益計算の精度を左右します。

• 仲介手数料
• 測量費用
• 解体費用
• 登記関連費用
• 印紙税
• 立退料や明渡し費用

費用の性質が微妙なものほど契約書と領収書をセットで保管し、説明可能な形にします。

修繕費と資本的支出の区分が「利益の出方」を変える

売却前の工事が修繕費として損金になるか、資本的支出として資産計上されるかで当期利益が変わります。

名称ではなく実質で判断され、形式基準も用意されているため、根拠を押さえて処理します。

参考：国税庁「資本的支出と修繕費」

資料が揃うほど「税務調査で負けない節税」になる

節税は会計処理だけで完結せず、証憑の強さで結論が変わることがあります。

• 売買契約書と重要事項説明書
• 固定資産台帳と償却計算の根拠
• 仲介契約書と請求書
• 工事見積書と工事内容が分かる資料

節税の成否は「説明できるか」で決まるため、後から集めにくい資料を先に確保します。

売却前にできる法人の節税テクニック

売却後にできることは限られるため、売却前の段階で選択肢を増やしておくのが現実的です。

繰越欠損金があるなら「売却益を当てにいく」発想が効く

繰越欠損金を活用できる会社は、売却益が出ても課税所得を圧縮できる可能性があります。

ただし要件や制限もあるため、事前に適用可否と控除可能額の見込みを作ります。

参考：国税庁「欠損金の繰越控除」

土地の特例は「対象かどうか」を最短で判定する

土地の譲渡益に特例が使えるなら、節税効果が読みやすくなります。

• 取得時期が制度の対象範囲に入っているか
• 譲渡する土地が対象資産に該当するか
• 適用要件を満たすための手続が揃うか

参考：国税庁「長期所有土地等の1,000万円特別控除」

消費税の納税義務と判定基準を先に押さえる

建物売却があると課税売上高が一時的に膨らみ、消費税の影響が出やすくなります。

免税か課税かは基準期間や特定期間の判定などで変わるため、売却前に判定表を作ります。

参考：国税庁「納税義務の免除」

参考：国税庁「特定期間の課税売上高による免税判定」

組織再編やグループ内取引は「節税スキーム」より先に目的を固める

グループ内での資産移転や組織再編は、手取りを左右する一方で否認リスクも上がります。

• なぜその取引が必要かを事業目的で説明できるか
• 時価評価や鑑定など第三者根拠を用意できるか
• 当事者間の契約書と意思決定記録が整っているか

実行の前に税務と法務を同時にレビューし、売却計画全体の整合を取ります。

節税目的の不動産売却でやりがちな失敗

節税は「やったのに損した」という失敗が起きやすい分野なので、避けるべき行動を先に知っておくと安全です。

根拠の薄い利益圧縮は税務否認のリスクがある

費用計上そのものが否定されると、追徴だけでなく延滞税等の負担も出ます。

• 実態のない外注費やコンサル費の計上
• 契約書がなく成果物も不明な支出
• 売却に無関係な支出を譲渡費用に混ぜる

節税は「説明できる支出」だけに絞るのが結果的に強いです。

土地と建物の金額配分で消費税を操作しようとすると危険

建物部分は課税になり得るため、恣意的な配分は争点になりやすいです。

参考：国税庁「消費税等と譲渡所得」

交際費や役員給与で調整しようとして逆効果になる

利益が増えたからといって、交際費や役員給与で雑に調整すると別の税務リスクが増えます。

• 交際費は損金算入に限度や区分がある
• 役員給与は要件を外すと損金不算入になり得る
• 一時的な支出はキャッシュアウトも同時に増える

参考：国税庁「交際費等の範囲と損金不算入額の計算」

契約・登記・領収書が揃っていないと「節税の材料」が消える

売却は関係者が多く、書類が散らばるほど証憑不備が起きます。

「資料が揃っている」だけで節税の成功確率が上がるため、売却プロジェクトとして管理します。

法人の不動産売却で節税を成功させる進め方

まずは土地と建物を分けて帳簿価額を確定し、譲渡費用の証憑を集めます。

次に、繰越欠損金の有無と土地の特例の対象可否を一次情報で確認して、売却時期の選択肢を作ります。

その上で、消費税の課税関係と契約書の価格配分を整え、契約前に税務リスクを潰します。

最後に、印紙税や登録免許税などの周辺コストも含めた手取り試算を作り、意思決定を数値で行います。

節税は「制度」より「段取り」で決まるため、迷う論点ほど先に専門家へ確認するのが結局安く済みます。