マンション売却の税金は3,000万円特別控除で負担を大きく減らせる｜適用条件と計算手順を押さえて損を防ごう！

マンションを売ったときに「税金がいくらになるのか」を調べると、3,000万円という数字が必ず出てきます。

これは、一定の条件を満たすマイホーム売却で「譲渡所得」から最高3,000万円を差し引ける特例があるためです。

ただし、誰でも自動で使えるわけではなく、住み方や売り方によって適用できないケースもあります。

また、税金は売却代金そのものにかかるのではなく、取得費や売却費用を引いた「利益」に対して計算されます。

本記事では、3,000万円特別控除を軸に、税額の考え方と申告までの流れを整理します。

マンション売却の税金は3,000万円特別控除で負担を大きく減らせる

マンション売却の税金は、利益（譲渡所得）が出た場合に発生し、条件を満たせば3,000万円特別控除で大幅に圧縮できます。

税金がかかるのは「売却代金」ではなく「利益」が出たとき

マンション売却で課税の対象になるのは、基本的に売却代金ではなく、取得費や譲渡費用を差し引いた後の譲渡所得です。

国税庁は、譲渡所得を「収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額」で計算すると示しています。

つまり、売れた金額が3,000万円でも、利益が小さければ税額は小さくなります。

逆に、購入価格より高く売れていても、取得費や費用の計上が弱いと税額が膨らみます。

• 課税対象は譲渡所得（利益）
• 取得費と譲渡費用で利益が変わる
• 特別控除が使えると利益がさらに減る
• 利益がゼロ以下なら原則として譲渡所得課税は発生しない

3,000万円特別控除で「課税される利益」がゼロになることがある

マイホーム（居住用財産）を売ったときは、所有期間の長短に関係なく、譲渡所得から最高3,000万円まで控除できる特例があります。

国税庁でも「マイホームを売ったときの特例」として、3,000万円特別控除を明示しています。

控除できるのは「譲渡所得が上限」であり、利益が2,500万円なら控除は2,500万円までです。

利益が3,000万円以下なら、控除後の課税譲渡所得がゼロになり、所得税・住民税が結果的に発生しないケースもあります。

所有期間5年で税率の土台が変わる

譲渡所得は、譲渡した年の1月1日時点で所有期間が5年を超えるかどうかで、長期と短期に分かれます。

国税庁は、長期譲渡所得の所得税率を15％、短期譲渡所得の所得税率を30％と示しています。

加えて住民税があり、さらに復興特別所得税（所得税額の2.1％）も上乗せされるため、実務では「所得税＋復興＋住民税」で考えるのが現実的です。

同じ利益でも、短期になるだけで税負担が跳ね上がるため、売却時期の判断は非常に重要です。

復興特別所得税まで含めた「実効の見え方」を押さえる

復興特別所得税は、平成25年から令和19年まで、基準所得税額の2.1％を所得税と併せて申告・納付すると国税庁が示しています。

このため、長期の所得税15％に対しては0.315％（15％×2.1％）が上乗せされます。

短期の所得税30％に対しては0.63％（30％×2.1％）が上乗せされます。

住民税も合わせて「長期は約20.315％」「短期は約39.63％」という形で語られるのは、この足し算の結果です。

• 長期：所得税15%＋復興0.315%＋住民税5%＝20.315%
• 短期：所得税30%＋復興0.63%＋住民税9%＝39.63%
• 復興特別所得税の期間は令和19年まで
• 税率は特例適用の有無で変わる

3,000万円特別控除が使えない代表例がある

3,000万円特別控除は万能ではなく、適用除外が定められています。

国税庁は、特例目的だけの入居と認められる家屋や、一時的な仮住まい、別荘などには適用されないと示しています。

また、親子や夫婦など「特別の関係がある人」への売却は要件で制限されます。

売却計画の初期段階で、適用できない前提の取引になっていないかを確認することが重要です。

• 特例目的の入居と認められる家屋
• 仮住まいなど一時的な目的の入居
• 別荘など保養目的の家屋
• 特別の関係がある人への売却

最初は「概算」でよいので手取りの当たりを付ける

税金の不安を減らすには、まず概算の課税譲渡所得を出して、3,000万円控除で消えるかどうかを確認するのが近道です。

購入時の契約書や売却時の仲介手数料が揃っていなくても、あとから集められるものは多いです。

概算の段階では「利益が3,000万円以内か」「所有期間5年を超えているか」を確認できれば十分に価値があります。

ここが見えると、慌てて節税商品に飛びつくような判断ミスを防げます。

3,000万円特別控除の適用条件をマンション売却で満たすには

3,000万円特別控除は「マイホーム（居住用財産）」としての要件を満たすことが前提で、住まい方と売り方のルールが細かく決まっています。

対象は「居住用財産」であり投資用ワンルームは原則対象外

3,000万円特別控除は、現に住んでいる家屋や、以前に住んでいた家屋など、一定の居住用財産が対象です。

国税庁は対象となる資産として、家屋とともに売った敷地や借地権も含めると示しています。

賃貸に出している期間が長い投資用マンションなどは、事実関係によっては「居住用」と言い切れず慎重な判断が必要です。

居住実態が争点になりそうなら、住民票や電気・ガスの使用状況なども含めて整理しておくと安心です。

• 現に住んでいる家屋
• 以前に住んでいた家屋（一定期限内）
• 家屋とともに売った敷地や借地権
• 一定条件を満たす取壊し後の敷地

「住まなくなってから3年」の期限が実務での分かれ目になる

以前に住んでいた家屋でも、住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日までに売る場合に限って対象になると示されています。

この期限を過ぎると、居住用財産として扱われず、3,000万円控除が使えないリスクが高まります。

転勤や住み替えで空室期間が長くなりやすい人ほど、期限管理が重要です。

売却活動が長引く可能性があるなら、早めに媒介契約や価格戦略を検討しておくと安全です。

前年・前々年に特例を使っていると制限がかかる

3,000万円特別控除には、売った年の前年および前々年に一定の特例を受けていないことなどの要件があります。

国税庁でも、前年・前々年の適用状況が要件として挙げられています。

住み替えを短期間で繰り返すと、想定していた控除が使えないことがあるため注意が必要です。

過去にマイホーム関連の控除を使った記憶がある場合は、確定申告書の控えを確認してから進めると確実です。

• 売った年の前年・前々年の適用状況を確認する
• 住宅ローン控除など他制度との関係にも注意する
• 過去の申告書控えが判断材料になる
• 不明点は税務署の相談窓口を活用する

親子・夫婦など「特別の関係がある人」への売却は原則対象外

3,000万円特別控除の要件として、親子や夫婦など特別の関係がある人に対して売ったものでないことが挙げられています。

国税庁は、特別の関係には生計を一にする親族や内縁関係、特殊関係の法人なども含むと示しています。

親族間売買は価格の妥当性や資金移動も含めて論点が多く、特例に頼る設計は危険です。

親族へ移す目的がある場合は、売買以外の選択肢も含めて専門家に早めに相談したほうが安全です。

マンション売却の税金計算は「譲渡所得」を出すのが出発点

税金を正確に読むには、まず譲渡所得の計算式を理解し、どの数字が利益を押し下げるのかを把握することが重要です。

基本の計算式は国税庁の算式どおりに当てはめる

譲渡所得の基本は、収入金額から取得費と譲渡費用を引き、さらに特別控除額を引く形です。

国税庁は土地建物の譲渡所得について、収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額＝課税譲渡所得金額と示しています。

この式のどこを強くできるかで、税金が発生するかどうかが決まります。

とくに3,000万円控除を使う場合でも、取得費や費用の整理を怠ると不利な前提で申告してしまいます。

取得費が分かるかどうかで課税利益が大きく変わる

取得費には購入代金や購入手数料のほか、設備費や改良費なども含まれると国税庁は示しています。

建物の取得費は、所有期間中の減価償却費相当額を差し引いた金額になる点も重要です。

購入時の売買契約書や領収書が揃うほど、取得費を大きくでき、課税利益を抑えられます。

「書類がないからゼロ」と決めつけず、再発行や金融機関の履歴などから復元できないかを検討する価値があります。

• 売買契約書で購入代金を確認する
• 仲介手数料や登記関連費用の領収書を探す
• リフォームや設備交換の領収書を整理する
• 建物分は減価償却を考慮して考える

譲渡費用は「売るために直接かかった費用」に限って積む

譲渡費用は、土地や建物を売るために直接かかった費用であり、仲介手数料や測量費、印紙代などが例として挙げられています。

国税庁は、借家人への立退料や取壊し費用なども譲渡費用になり得ると示しています。

引っ越し代や新居の家具購入などは「売るための直接費用」ではないため、混ぜると否認リスクが高まります。

迷う支出がある場合は、支出目的が「売却の成立に直結しているか」で整理すると判断しやすくなります。

計算例で「3,000万円控除が効く形」を体感する

数字を当てはめると、3,000万円控除が税額を消すかどうかが一気に見えます。

たとえば利益が2,800万円なら、控除後の課税譲渡所得はゼロになり、所得税・住民税は原則として発生しません。

一方で利益が3,500万円なら、控除後の課税譲渡所得は500万円となり、長期か短期かで税額が変わります。

この境界を押さえるだけでも、売却価格の調整や費用計上の重要度が理解しやすくなります。

取得費と譲渡費用の整理で「税金が出る・出ない」が逆転する

3,000万円控除があるとはいえ、取得費と譲渡費用の精度が低いと、不要な税負担や申告ミスに繋がります。

取得費は「購入代金＋付随費用＋改良費」で考える

国税庁は、取得費に購入代金や建築代金、購入手数料のほか設備費や改良費なども含まれると示しています。

マンションでは、購入時の仲介手数料や、設備のグレードアップ費用が取得費として効く可能性があります。

リフォームでも「資産価値を高める改良」に近い支出は取得費になり得る一方、単なる修繕は判断が分かれます。

領収書の内容と工事の目的をセットで説明できる形にしておくと、後から整理しやすくなります。

• 売買契約書に記載の購入代金
• 購入時の仲介手数料など付随費用
• 設備更新や改良の費用
• 建物分は減価償却控除後で考える

取得費が不明な場合でも「概算取得費5％」という安全弁がある

取得費が分からない場合や、実際の取得費が譲渡価額の5％より少ないときは、譲渡価額の5％を取得費とできると国税庁は示しています。

これは最終手段として便利ですが、購入価格が分かるなら通常は実額のほうが有利になりやすいです。

概算5％は税額が大きくなりやすい前提なので、適用する前に書類探索をやり切る価値があります。

時間がない場合でも、少なくとも金融機関の融資資料や不動産会社の重要事項説明書の控えは探すべきです。

譲渡費用は売却の成否に直結するものだけを積み上げる

譲渡費用は、仲介手数料や測量費、印紙代など「売るために直接かかった費用」に限られます。

国税庁は、取壊し費用なども譲渡費用に含まれる例として挙げています。

マンションでは測量よりも、仲介手数料や、売却に伴う解体が不要な分、費用項目が読みやすい傾向があります。

ただし、賃借人がいる区分マンションなどでは立退料が論点になるため、該当する人は特に注意が必要です。

• 仲介手数料
• 売買契約書の印紙代
• 測量費（必要な場合）
• 立退料（必要な場合）

固定資産税の精算金など「収入金額に入るもの」を落とさない

売却代金以外にも、未経過固定資産税等に相当する額の支払を受けた場合は譲渡価額に算入されると国税庁は示しています。

精算金を受け取っているのに収入から漏らすと、申告内容が実態とズレてしまいます。

不動産会社の精算書は、収入金額の補強資料として保存しておくと安心です。

収入が増えた分だけ税金が増える可能性があるため、全体の整合性を取ったうえで申告します。

10年超なら軽減税率も狙えるが併用関係に注意する

3,000万円控除で利益が残る場合でも、所有期間などの条件を満たせば「軽減税率の特例」で税率を下げられる可能性があります。

軽減税率は「10年超」など5つの要件を満たす必要がある

軽減税率の特例は、一定の要件に当てはまるときに長期譲渡所得の税額を通常より低い税率で計算できる制度です。

国税庁は、売った年の1月1日において所有期間が10年を超えていることなど、5つの要件すべてに当てはまる必要があると示しています。

要件の中には、前年・前々年の適用状況や、親子夫婦などへの売却制限も含まれます。

3,000万円控除が使えるからといって軽減税率も自動で使えるわけではない点が重要です。

• 売った資産が居住用財産である
• 売った年の1/1時点で所有期間10年超
• 前年・前々年に適用を受けていない
• 他の特例との併用制限がある

軽減税率の「税率表」を把握すると判断が速くなる

国税庁は軽減税率の税率として、課税長期譲渡所得金額が6,000万円以下なら10％と示しています。

6,000万円を超える部分は、（A－6,000万円）×15％＋600万円という形で計算すると示されています。

この税率は所得税の計算に関するもので、住民税や復興特別所得税は別途考える必要があります。

それでも、利益が残るケースでは、軽減税率の有無で差が出やすいため確認する価値があります。

3,000万円控除と軽減税率は「重ねて受けられる」

国税庁は、3,000万円特別控除と軽減税率の特例は重ねて受けることができると明示しています。

実務では、まず利益から3,000万円を引き、なお残る課税利益に対して軽減税率を検討する流れになります。

ただし、買換え等の他の特例を使っている場合は、軽減税率の要件で弾かれることがあります。

併用できる組み合わせとできない組み合わせを、売却前に整理しておくと計画が崩れにくくなります。

• 3,000万円控除と軽減税率は併用可能
• 他の特例を使うと要件で制限される場合がある
• 順序は「控除→税率特例」のイメージで考える
• 前年・前々年の適用状況も要確認

買換え特例など「税負担の繰り延べ」とは思想が違う

3,000万円控除や軽減税率は、税負担を直接減らす制度です。

一方で買換え特例のように、税負担を将来に繰り延べる制度も存在し、併用制限が出やすい領域です。

繰り延べは将来の売却で課税が戻ってくるため、手取りを最大化したい人と相性が悪い場合もあります。

住み替え計画や将来の売却可能性まで含めて、どの特例が最適かを判断する必要があります。

確定申告が必須なので、必要書類と流れを先に押さえる

3,000万円特別控除や軽減税率を使うには、原則として確定申告が必要で、申告しないと適用できません。

特例の適用には「一定の書類を添えて確定申告」が必要

国税庁は、3,000万円特別控除の適用を受けるためには、一定の書類を添えて確定申告をすることが必要だと示しています。

売却で利益が出ない見込みでも、特例を適用して「課税がゼロ」であることを手続きとして確定させる意味があります。

申告をしないままにすると、後から「適用したつもり」の状態になり、税務上の整合が取れなくなります。

まずは申告が前提であることを、売却前の段階で理解しておくことが重要です。

• 特例を使うなら確定申告が前提
• 利益がゼロでも申告が必要になる場合がある
• 書類の準備を売却活動と並行して進める
• 不明点は税務署の相談窓口を活用する

最低限そろえたい書類をチェックリスト化する

申告では、譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）などの添付が求められます。

国税庁の案内でも、特例適用時の提出書類として譲渡所得の内訳書が挙げられています。

加えて、売却した人の住民票の住所と物件所在地が異なる場合などは、居住実態を示す資料の追加が必要になることがあります。

書類不足は申告のやり直しに繋がるため、早めに一覧化して集めるのが安全です。

申告の流れは「計算→内訳書→申告書」で組み立てる

譲渡所得の申告は、先に収入金額、取得費、譲渡費用を確定させ、課税譲渡所得を出すところから始まります。

そのうえで、3,000万円控除や軽減税率など、使う特例に応じた内訳書や添付資料を整えます。

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すると、入力に沿って必要書類が自動作成されると案内されています。

紙提出でも電子申告でも、最終的に「数字の根拠が説明できるか」が重要です。

• 収入金額を確定する
• 取得費と譲渡費用を整理する
• 特別控除の要件を確認する
• 内訳書と申告書を作成して提出する

迷ったら国税庁の手引きやチェックシートを活用する

譲渡所得は計算要素が多く、初めての人ほど漏れやすい領域です。

国税庁は「土地・建物等をお売りになった場合」などの案内を用意しており、作成コーナーへの導線も示しています。

また、各国税局が公表しているチェックシート類も、必要書類の抜けを防ぐのに役立ちます。

制度が複雑なぶん、一次情報にあたりながら作業するだけでミスの確率は大きく下がります。

3,000万円控除を前提に「売却計画」と「手取り」を固める

マンション売却の税金は、3,000万円特別控除が使えるかどうかで景色が変わります。

まずは譲渡所得を概算し、利益が3,000万円以内に収まる見込みかを確認するのが第一歩です。

次に、取得費と譲渡費用を丁寧に積み上げて、控除後に利益が残るかどうかを精密化します。

利益が残るなら、所有期間10年超の軽減税率など、次の一手を検討する流れが合理的です。

最後に、特例は確定申告が前提なので、売却活動と並行して書類を集め、申告の段取りまで見通しておくと安心です。

これらを先に押さえるだけで、税金の不安に振り回されず、納得できる条件で売却しやすくなります。